Depois de muita pesquisa e dor de cabeça, consegui utilizando as dicas deste post. Ficou assim:
(MySql Workbenk)
select straight_join produto.Nome_Produto, sum(quantidade_entrada) as 'Entrada', sum(quantidade_saida) as 'saida',
(sum(quantidade_entrada) - sum(quantidade_saida)) as 'Total'
from produto
left join entrada on entrada.Cod_produto = produto.Cod_Produto
left join saida on saida.Cod_Produto = produto.Cod_Produto
group by produto.nome_produto