Olá, olhando o seu código você pode fazer a seguinte alteração antes do (for) de processamento da comparação:
menor = mat [0][0];
for(lin=0; lin<=2; lin++){
for(col=0; col<=2; col++){
if(mat[lin][col] < menor){
menor = mat[lin][col];
pos1=lin;
pos2=col;
}
}
}
assim o menor valor será o primeiro, quando ele começar a fazer a comparação caso haja algum valor menor do que este que foi atribuíd