A função readlines retorna um objeto do tipo lista, que é indexado, você pode por exemplo, colocar o resultado em uma lista a iterá-la através do indice:
>>> arq = open('meu_arquivo.txt', 'r')
>>> lista = arq.readlines()
>>> lista
['linha1 do meu arquivo\n', 'linha 2 do meu arquivo\t\n', 'linha 3 do meu arquivo\n', 'linha 4 do meu arquivo\n', 'linha 5 do meu arquivo']
>>> lista[3]
'linha 4 do meu arquivo\n'
No caso do loop é mais fácil ainda:
>>> i = 2
>>> while i < len(lista):
... print lista
... i += 1
...
linha 3 do meu arquivo
linha 4 do meu arquivo
linha 5 do meu arquivo
