Tupi Tapera

Bom dia, Amigos, não sei exatamente se estou no fórum correto pois meu problema parece estar acionado tanto ao Mysql quanto ao PHP. É o seguinte: Numa certa página de pesquisa (em PHP), a consulta leva 8 segundos para gerar o resultado. Se eu pego o código MySQL gerado pelo PHP e executo no PHPmyAdmin, a resposta é rápida, portanto, creio que o problema não seja do meu código MySQL. No PHP, nada é feito entre o $sql = " ... "; e o mysql_query($sql); O que poderia estar acontecendo? Meu banco de dados têm 30 tabelas, mas essa demora ocorre somente quando envolvo na consulta uma tabela InnoDB (Há duas 2 somente. As demais são MyISAM). Outro detalhe: Eu usava a versão 4.0 do MySQL. Como precisei utilizar subconsultas, tive que substituir pela versão 4.1. Uso o Windows Server 2003.