Olá Denis, Boa Tarde!
Assim como você citou no Item "A", ao usar o comando "DELETE FROM minhatabela" a variável auto_increment é igual a 4, porém ao reiniciar o PC, o valor desta variável volta com zero, sendo que o correto seria 4.
O que estou fazendo de errado? Já simulei esta situação em 3 PC (windows 7) com o MySql 5.5 e a variável auto_increment também é zerada, isto é, depois de usar o comando "DELETE FROM minhatabela".
Obrigado mais uma vez!