Sei que o post é antigo mas passei por este problema ontem e agora pela manhã consegui resolver. No meu caso eu precisei colocar a primeira letra maiúscula tanto no nome dos arquivo dos Controllers e Models quanto no nome das classes. Ex.:
Aquivo: Conta.php
class Conta extends CI_Controller
{
//codigos...
}
Foi carregando ao poucos a partir dos aquivos originais como sugeriu Jissa e assim pude chagar ao problema.