Olá Vangodp,
Obrigado por sua contribuição. Mas deixa eu ser mais claro no meu problema: Embora sua solução esteja funcionando perfeitamente, o que eu estou querendo é rodar o Gnuplot enquanto o arquivo .txt com os dados está sendo incrementado, ou seja, quero um gráfico sendo construído em tempo real, e não que ele seja apresentado todo de uma vez.
Eu andei lendo mais e vi que vou precisar a função fork() e exec(), eu acho. Pois a função system() para a execução do C e só depois que o programa chamado for totalmente executado, ele volta a rodar.
Em fim, quero gerar um gráfico de linhas para uma sequência de dados (2 colunas). Só que estes dados são adicionados no arquivo a cada 1 segundo e consequentemente o gráfico é alterado nessa frequência.