Prezados Consegui a solução;
 
	segue o código;
 
	#!/usr/bin/perl
 
	use strict; 
	use Set::Similarity::Cosine;
 
	my $cosine = Set::Similarity::Cosine->new;
 
	open(DATA,"FILE.txt") or die " Arquivo ausente"; 
	my @data;
 
	while (<DATA>) 
	{ 
	    push @data, { map { $_ => 1 } split }; 
	}
 
	for my $i ( 0 .. $#data-1 )  
	{ 
	    for my $j ( $i + 1 .. $#data ) { 
	        my $similarity = $cosine->similarity($data[$i],$data[$j]); 
	            
	           $similarity =~s/0\.([0-9]{2}).+/\1/i; 
	           if ($similarity > 90) 
	           { 
	            print "A linha $i Tem $similarity de similar com a linha $j\n"; 
	            system "pause"; 
	        } 
	    } 
	}
 
	Agora estou tendo dificuldade em adicionar o resultado no inico da linha.
 
	Agradeço quem puder ajudar.