Olá, você deve baixar o instalador do site: www.cygwin.com, e em seguida executar. Será criado um instalador no qual você poderá selecionar os pacotes que achar necessario para sua utilização. No meu caso eu necessitava para rodar o NS (Network Simulator) e o mesmo exigia alguns pacotes especiais. Se esse for o seu caso, você pode acessar o site: www.isi.edu/nsnam/ns no qual encontrará o manual completo do NS e os pacotes necessarios para instalação no Windows via Cygwin. BOA SORTE !!