Cara a resposta para essa dúvida é: depende! Eu já tive contato com java, na faculdade e hoje estou indo para o lado .NET. E a diferença é muito grande. No java não temos muito suporte para a linguagem, já no ASP.NET, por exemplo, a MIcro$oft tem um suporte violento com videos tutoriais, forums, etc. É muita informação mesmo, e o C# também que é uma linguagem nova no mercado tem um suporte incrível. Muitas empresas preferem pagar caro pois o suporte é muito grande. já no java você tem que se contentar com forums que na minha opinião dificilmente dão as respostas necessárias para assuntos coplexos. Quando preciso de um scripi para javascript para fazer uma função básica eu sempre procuro em forums e encontro muitos, e então não preciso criar outro. Agora quando se trata de assundos como segurança tipo formas de autenticação de usuário, dificilmente vou encontrar essa ajuda no Forum então recorro ao suporte tecnico na Micro$soft, tudo bem pagamos caro pelo serviço, mais vale a pena. Agora, quanto a sua resposta ela é: depende. O JAVA tem muitas outras vantagens em relação a C#. Mais o java é só JAVA, o .NET é o .NET (não sei se fui claro).
