Bom dia, Eu utilizo o mytop, se estiver utilizando o linux é só instalar e rodar, nele você terá configurações para exibir queries em x segundos, verá o tempo que ela demora para executar, poderá dar um Kill, o explain e ver a querie inteira. Agora tem o Log do Banco tambem, nele você conseguirá ver todas as queries que o server rodou. Execute mysqld --help --verbose no shell e veja o caminho que esta o log.