Use o caxis. Ex: caxis([0 40]); Coloque esta linha após gerar cada gráfico e suas barras de cores serão como você deseja. Os valores a passar são o menor e maior valor que você quer representado na barra (o mínimo e máximo de todos os gráficos).
Sim, é possível em duas formas, usando ! ou a função system: !notepad.exe &
ou ainda
system('notepad.exe'); verifique a documentação da função system para detalhes sobre como obter resultados do programa executado.