Cara isso de fato é estranho. Eu mesmo já desenvolvi muita coisa com MySQL e sempre rodei ele em servidores windows. Nunca tive problema, muito pelo contrario. Pode não ser o mais completo banco do mundo, mas certamente é o mais rápido. Então no seu caso aconselho verificar os seguintes pontos: -Atualizar o MySQL para ultima versão estável -Atualizar teu servidor windows -Verificar na hora que a cpu fica em 100% se é de fato o processo MySQL que está usando essa carga -Você está usando o mysqld-nt certo? -Tentar fazer algumas manipulação do banco pelo console do banco mesmo, se ele se comportar bem da uma verificada no teu programa em VB. Vê se não está prendendo conexão, fazendo select com resultados muito grandes sem limite de registros... To ficando sem idéias, boa sorte...