Bom ... acredito que os erros estejam nas "references" ... geralmente quando eu coloco publish apos gerar as dll eu não tenho a necessidade de ter que trocar algo nas paginas simplesmente as coloco no servidor, mas faça de maneira melhor para encontrar seu erro.. Apos dar publish coloque em um diretorio qualquer como por exemplo desktop ao invés do ftp... va em file - > open website e selecione o site compilado apos abrir.. voce vera que todos os arquivos .cs sumiram que já era esperado. entaum execute Ctrl + Shift + B veja se aparece algum erro escrito reference ... se voce utiliza alguma dll externa como por exemplo ajaxcontrolextender ou algo do tipo pode ser a causa do seu erro...