Valeu brother.......fiz algumas alterações e estou postando abaixo do modo como funcionou.....o seu acho que não funcionou porque não tinha o UPPER para efetuar a comparação....mas sua ideia foi perfeita, não conhecia esta função REPLACE.
CREATE TABLE #Teste (LAST_LOGON varchar(50), LOGIN_EMAIL varchar(50))
INSERT INTO #Teste VALUES ('CORPORATE\orlando.nery', 'orlando.nery')
INSERT INTO #Teste VALUES ('orlando.nery', 'orlando.nery')
SELECT * FROM #Teste
WHERE LOGIN_EMAIL IS NOT NULL AND LAST_LOGON IS NOT NULL
AND (REPLACE (LAST_LOGON, 'CORPORATE\', '')) = LOGIN_EMAIL
SELECT UPPER(LOGIN_EMAIL) as LOGIN, UPPER(REPLACE(LAST_LOGON, 'CORPORATE\','')) AS LOGON_ALTERNADO
FROM #Teste
WHERE LOGIN_EMAIL IS NOT NULL AND LAST_LOGON IS NOT NULL
AND UPPER(REPLACE (LAST_LOGON, 'CORPORATE\', '')) <> LOGIN_EMAIL