Pode ser que haja algum script em seu site que em algum momento redirecione para o localhost, ou então quando você dá um include ele chama um arquivo que está no localhost. Exemplo: O arquivo "grava.php" é responsável por criar, escrever e fechar o arquivo a ser gravado. Ao criar o arquivo "index.php" você deu um include para o arquivo "grava.php" da seguinte forma: include('http://localhost/meusite/grava.php"). Nesse caso, embora o seu script esteja rodando diretamente em seu site no seu domínio, ele inclui um arquivo que está no seu computador e, obviamente, o executa lá. Sendo assim, o arquivo "grava.php" vai trabalhar no localhost. Para corrigir isso basta inserir o caminho certo do arquivo no seu domínio. Sei que falei pra caramba, mas pode ser que ajude. Se não for nada disso, por favor dê mais detalhes de como está seu código inteiro. Abraços!