Poorraaa!! vocês são foda!! resolveram legal as minhas dúvidas.. consegui rodar direitinho.
Fiz o seguinte:
no index_338:
$projectContents .= '<li><a href="'.($suppress_localhost ? 'http://localhost/':'').$file.'">'.$file.'</a></li>';
e no refresh_651:
$myreplacesubmenuProjects .= 'Type: item; Caption: "'.$projectContents[$i].'"; Action: run; FileName: "'.$c_navigator.'"; Parameters: "http://localhost'.$projectContents[$i].'/"; Glyph: 5