Upmilk

Bom dia! Tenho um duvida, como organizar um site ou sistema em php, não na parte de estrutura html, php. Mais sim como fazer paginas index. home, pastas, css, qual pagina charmar o que colocar na pagina index? Estava vendo um exemplo de um site, que cria um arquivo index.php chamando outras 3 paginas php(TOPO.PHP, PAGINAS.PHP, RODAPE.PHP), mais não vi outro exemplo, para ver qual melhor.