Eu passei por isso quando migrei do DreamWeaver para o NetBeans. Quando eu abria arquivos criados anteriormente no DreamWeaver, o NetBeans dava as mesmas linhas.
Acabei migrando de IDE novamente, agora uso o Atom. É muito parecido com o Sublime Text, mas um pouco melhorado... E ainda está na versão 1, creio que ainda ocorrerão muitas melhoras nele... Ele é gratuito, não dá erros como esses das linhas, e ajuda com algumas coisas pra deixar o código no padrão PSR.
Ele não é táo "inteligente" quanto o DreamWeaver, mas tente se quiser.
Se minha resposta não te ajudou, desculpe-me! :P