mlkcea

Dependendo você nem precisa de tanto, você pode executar comando remotamente no linux usando o ssh, (Ex: ssh usuário@192.168.0.5 'ls /home/usuario/' > ls_do_computador.txt) A criação de socket em Linux ou Windows são parecidos, posso enviar para você como criar sockets também...

O melhor mesmo é trabalhar com o programa como serviço do windows... e usa apenas uma thread para iniciar o seu programa. É melhor que colocar no iniciar ou Run (registro), pois inicia junto com o computador sem precisar efetuar login.