você pode na hora de exportar a imagem configurar com quantos pixels ela vai ficar, assim mesmo que você faça ela em um tamanho maior ou menor, você regula na exportação. é só mudar a medida usada de milimetros para pixels na caixa de exportação
cara eu quase não trabalho com gif animado, mas quando preciso fazer uso o Adobe ImageReady CS2 não sei se é o melhor pra trabalhar mas acho ele pratico pois ele trabalha em parceria com o photoshop e os demais programas Adobe ;)