você tem que criar a funçao em javascript que abre a janela primeiro, nesse vai indica o tamanho e outras propriedades...ai o link so vai chamar a função em java.......... coloque isso no html... <script language="JavaScript">
function jan(x, y){
window.open(x,y,'status=no,resizable=yes,width=631,height=422');
}
</script>
ai no flash você chama ele...
"javascript:jan('arquivo.htm')" entendeu??