Eu não sei quantas empresas terão, mas fazer isso q você está falando não é o recomendado. O interessante seria você cada vez q o cara escolher uma empresa diferente, submitar o formulário e buscar no bd os funcionários daquela empresa, porque do contrário você traria todos os funcionarios de todas as empresas e pra carregar isso tudo de uma vez só seria um pouco demorado(não sei qtos registros existem no total)... Meu conselho seria você usar a mesma lógica dos estados/cidades... escolheu o estado submita e pega as cidades... Abraço PS.: Se você tem dúvida de como fazer isso em PHP, posso te mover para o fórum de PHP.