Ajuda algoritmo visualG

[magaiver]

O algoritmo esta meio confuso

Mas aí vai o algoritmo a ser realizado

minha duvida esta na hora de achar a cadeia1 armazenada em um vetor dentro do vetor da cadeia 2

Projeto Genoma

Nome do arquivo fonte: genoma.alg

Um grande projeto mundial está em curso para mapear todo o material genético do ser humano: o

Projeto Genoma Humano. As moléculas de DNA (moléculas que contêm material genético)

podem ser representadas por cadeias de caracteres que usam um alfabeto de apenas 4(quatro)

letras: ‘A’,‘C’, ‘T’ e ‘G’. Um exemplo de uma cadeia é: TCATATGCAAATAGCTGCATACCGA.

Nesta tarefa você deverá produzir uma ferramenta muito utilizada no projeto Genoma: um

programa que procura ocorrências de uma pequena cadeia de DNA (que vamos chamar de p)

dentro de uma outra cadeia de DNA (que vamos chamar de t). Você deverá procurar dois tipos de

ocorrência: a "direta" e a "complementar invertida".

Uma ocorrência direta é quando a cadeia p aparece como sub-cadeia dentro de t. Por exemplo, se p =

CATA e t = TCATATGCAAATAGCTGCATACCGA, então p ocorre na forma direta na posição 2 e na

posição 18 de t.

Uma ocorrência complementar invertida depende da seguinte correspondência entre as letras do DNA:

‘A’Û‘T’ e ‘G’ Û‘C’. "Complementar o DNA" significa trocar as letras de uma cadeia de DNA seguindo

essa correspondência. Se complementarmos a cadeia CATA, vamos obter GTAT. Mas além de

complementar, é preciso também inverter, ou seja, de GTAT obter TATG. E é esta cadeia que deverá ser

procurada, no caso da ocorrência complementar invertida. Assim, se p e t são as mesmas cadeias do

exemplo anterior, então p ocorre na forma complementar invertida na posição 4 de t.

1. Tarefa

Sua tarefa é escrever um programa que, dadas duas cadeias p e t, onde o comprimento de p é menor ou

igual ao comprimento de t, procura todas as ocorrências diretas e todas as ocorrências complementares

invertidas de p em t.

2. Entrada de Dados

Os dados de entrada contém vários conjuntos de teste. Cada conjunto de teste é composto por três linhas. A

primeira linha contém dois inteiros positivos, M e N, sendo M £ N, que indicam respectivamente o

comprimento das cadeias de DNA p e t, conforme descrito acima. A segunda linha do conjunto de teste

contém a cadeia p, e a terceira linha contém a cadeia t, onde p e t são compostas utilizando apenas os

caracteres ‘A’, ‘C’, ‘G’ e ‘T’. O final do arquivo de testes é indicado quando M = N = 0 (este último

conjunto de testes não é válido e não deve ser processado). Os dados de entrada contêm ao menos um

conjunto de teste que deve ser processado.

Exemplo de Entrada

2 4

AC

TGGT

4 25

CATA

TCATATGCAAATAGCTGCATACCGA

0 0

3. Saída de Dados

Seu programa deve produzir os dados de saída abaixo. Para cada conjunto de teste dos dados de

entrada seu programa deve produzir quatro linhas no arquivo de saída. A primeira linha deve

conter um identificador do conjunto de teste, no formato “Teste n”, onde n é numerado a partir de

1. Na segunda linha deve aparecer a lista, em ordem crescente, com a posição inicial de cada

ocorrência, na forma direta, do padrão p na seqüência t. Na terceira linha deve aparecer a lista, em

ordem crescente, com a posição inicial de cada ocorrência, na forma complementar invertida, do

padrão p na seqüência t. A quarta linha deve ser deixada em branco. A grafia mostrada no

Exemplo de Saída, abaixo, deve ser seguida rigorosamente.

Exemplo de Saída

Teste 1

ocorrência direta: 0

ocorrência complementar invertida: 3

Teste 2

ocorrência direta: 2 18

ocorrência complementar invertida: 4

(esta saída corresponde ao exemplo de entrada acima)

algoritmo "semnome"

// Função :

// Autor :

// Data : 15/8/2002

// Seção de Declarações

var

C, A, G, T, cadeia1, cadeia2: caracter

M, N, testen,I,J,K,L,P,Q,cont: inteiro

vetM: vetor [1..20] de caracter

vetN: vetor [1..20] de caracter

VetMI: vetor [1..20] DE caracter

VetIN: vetor [1..20] de caracter

inicio

J<-0

K<-0

L<-0

Q<-0

escreval ("Informe o número de caracteres que conterá a primeira cadeia e a segunda cadeia, ou seja, o comprimento. ")

leia (M, N)

enquanto M>N faca

escreval ("Entrada de dados incorreta. Digite novamente (a cadeia 1 deve ser menor ou igual a cadeia2")

leia (M,N)

fimenquanto

Se (M<>0) e (N<>0) então

Para I de 1 ate M faca

escreval ("Digite a cadeia p. Deve conter apenas os caracteres A, C, G, T (informe uma letra e tecle enter). ")

leia (cadeia1)

J<-J+1

VetM[J]<-cadeia1

fimpara

Para I de 1 ate N faca

escreval ("Digite a cadeia t. Deve conter apenas os caracteres A, C, G, T. ")

leia (cadeia2)

K<-K+1

VetN[K]<-cadeia2

fimpara

J<-0

L<-0

Para I de 1 ate M faca

L<-L+1

J<-J+1

Se (vetM[J]="A") então

vetMI[L]<-"T"

senao

Se (vetM[J]="T") então

VEtMI[L]<-"A"

senao

Se (vetM[J]="C") então

vetMI[L]<-"G"

senao

VetMI[L]<-"C"

fimse

fimse

fimse

fimpara

P<-L

Para I de 1 ate P faca

Q<-Q+1

vetin[Q]<-vetmi[L]

L<-L-1

fimpara

fimalgoritmo