Infelizmente não é possível fazer essa operação mantendo os índices numéricos, pois eles serão alterados internamente para melhor otimização do JS.
Contudo se apenas a ordenação for importante, você pode fazer o seguinte:
var x = { "1": "A","0": "C", "2": "T"}
function order(obj){
var retorno = [];
for(var i in obj){
retorno.push(obj[i]);
}
return retorno.sort();
}
console.log(order (x));