tipo assim, o Apache tem que estar no grupo ROOT senão não tem permissão pra executar comandos PHP... também o SAFE MODE tem que estar desativado no php.ini olha, num outro trampo meu mexia com coisas assim mas quem arrumava no Linux essas coisas não era eu... mas sei que é algo assim... o apache tem que entrar no grupo que tenha privilégios de root e o safemode do php tem que estar desativado... mas não era no grupo ROOT que ele listava o apache, e sim em um grupo eu não lembro o nome, mas que tinha privilégios root... um nome esquisito iuahiuah se você souber como editar o arquivo de grupos, era algo como Cycle sei la