Java não é compilado, é interpretado através da Java Virtual Machine. No caso da portabilidade, por utilizar conceito de cliente servidor, não depende do SO do cliente, é executado no servidor. Java Script é executado na máquina cliente, mas também depende de uma VM. Como tu programa em C, eu aconselharia PHP pois tem uma sintaxe próxima a do C. Quanto a segurança, depende muito do teu servidor... Bom, espero ter ajudado, qualquer dúvida, só postar...