Você simplesmente está abrindo o arquivo e jogando o conteúdo, e é claro, isso sempre vai fazer com o que seja novo vá pro final, o que você tem que fazer é, abrir o arquivo, ler o conteúdo, gravar o conteúdo lido em uma variável, apagar o conteúdo do arquivo, inserir o conteúdo novo e ai inserir o antigo...