Vamos la... partindo do Sql server (DTS), chegando na tela de "Select Source Tables and Views" clique no botão Transform (...) depois clique no botão "Edit SQL..." da aba inicial (Column Mappings) onde tiver o campo que é indetidade, exemplo: [id] int NOT NULL,
coloque do lado a palavra IDENTITY, no exemplo ficaria:
[id] int IDENTITY NOT NULL,