system ainda existe no PHP, só que deve estar desativada no servidor por motivos de segurança (aliás, não sei como deixaram isso ativado no seu outro servidor). Quanto a sua pergunta, sim, tem como renomear/redimensionar sem usar a função system, para renomear basta usar o rename, ou copiar o arquivo já com o nome final (da pasta temp do servidor pra definitiva), para redimensionar eu costumo usar a biblioteca GD... já até postei aqui no fórum isso...