O que você tem que ter em mente é que para o MySQL não existe ponto com vírgula, ou seja: 1.000,00 é inválido. Então tudo que vem depois da vírgula é ignorado, se você deseja usar a vírgular, na parte do script você terá que primeiro substituir o ponto por nada e depois a vírgula por ponto, ou seja, 1.000,00 se transformaria em 1000.00 que é um número válido para o MySQL, para fazer esta substituição use str_replace