então tenta:
<html>
<body>
<script>
function cria_janela_cent(horizontal,vertical,nome) {
var res_ver = screen.height
var res_hor = screen.width
var pos_ver_fin = (res_ver - vertical)/2
var pos_hor_fin = (res_hor - horizontal)/2
window.open("PAGINA.HTM",nome,"width="+horizontal+",height="+vertical+",top="+pos_ver_fin+",left="+pos_hor_fin+",status=yes");
}
</script>
<a href="javascript:cria_janela_cent(300,200,'pop')">clica aqui!</a>
</body>
</html>
E poste quando tenha dúvidas; falou.