O que você deve fazer neste caso é ficar monitorando o usuário de tempos em tempos, por exemplo, colocar um iframe nas páginas que requisite de x em x segundos um PHP que atualize um tabela no BD, a partir desta atualização, você determina se o usuário está online, se após X segundo não tiver atualização você muda o status dele para off no sistema (um cron resolve isto), só que você vai ter que verificar também cada vez que ele entrar em uma página se ele está on ou off, pois se estiver off você terá que deslogar ele do sistema...